Der Vorteil durch die Teilnahme an einem Belegschaftsaktienprogramm unterliegt in Deutschland der Besteuerung als Arbeitslohn. Allerdings profitieren die Teilnehmer regelmäßig von einem Freibetrag und einer Versteuerung mit einem niedrigeren Steuersatz. Der Steuerfreibetrag in Höhe von gegenwärtig 360 Euro pro Jahr findet auf den im Rahmen von Mitarbeiteraktienprogrammen erworbenen Vorteil Anwendung, sofern bestimmte Voraussetzungen erfüllt sind. So müssen Aktien des Arbeitgebers oder eines Konzernunternehmens des Arbeitgebers verwendet werden. Weiterhin muss das Angebot zur Teilnahme am Aktienprogramm allen Arbeitnehmern offenstehen, die im Zeitpunkt der Bekanntgabe des Angebots ein Jahr oder länger in einem Dienstverhältnis zum Arbeitgeber stehen. Erfahrungsgemäß steht die Teilnahme an einem Mitarbeiteraktienprogramm allen Mitarbeitern offen.
Bezüglich der Konditionen des Aktienerwerbs kann zwischen einzelnen Arbeitnehmern differenziert werden, sofern ein sachlicher Grund hierfür vorliegt. Bestimmte Gruppen von Arbeitnehmern, zum Beispiel Organe oder Arbeitnehmer, deren Arbeitsvertrag im Zeitraum zwischen Angebot und Überlassung der Aktien ausläuft, können vom Angebot ausgenommen werden, bei einem Konzernunternehmen müssen die Beschäftigten der übrigen Konzernunternehmen nicht einbezogen werden.
Die Fünftelregelung kann eine Versteuerung zu einem niedrigeren Steuersatz ermöglichen. Diese findet auf Vergütungen für mehrjährige Tätigkeiten Anwendung, wobei eine Tätigkeit mehrjährig ist, soweit sie sich über mindestens zwei Veranlagungszeiträume erstreckt und einen Zeitraum von mehr als zwölf Monaten umfasst und der Teilnehmer während des Zeitraums in einem Arbeitsverhältnis zum Arbeitgeber stand. Bei Mitarbeiteraktien findet die Fünftelregelung in der Regel auf Matching-Aktien Anwendung, sofern diese nach Ablauf einer mehrjährigen Halteperiode geliefert werden. Bei Anwendung der Fünftelregelung wird ein Fünftel des Vorteils bei der Bestimmung des Steuersatzes berücksichtigt. Die sich auf dieses Fünftel des Vorteils ergebende Steuer wird mit fünf multipliziert und ergibt die Steuer auf den Vorteil. Der Effekt progressiver Steuersätze kann somit durch die Anwendung der Fünftelregelung reduziert werden.
In der Praxis ist es üblich, die Anwendung der steuerlichen Begünstigungen vorab mit dem Finanzamt in einer Lohnsteueranrufungsauskunft abzustimmen. Erfahrungsgemäß ist der Teilnehmerkreis, der ein Angebot zur Teilnahme erhalten soll, ein kritischer Punkt. In der Entgeltabrechnung ist darauf zu achten, dass der Steuerfreibetrag pro Dienstverhältnis nur einmal gewährt werden kann. Bei jährlich ausgerollten Mitarbeiteraktienprogrammen mit einem vergünstigten Erwerb und einem Erhalt von Matching-Aktien nach Ablauf einer Haltefrist kann der Steuerfreibetrag ggf. bereits durch den vergünstigten Erwerb ausgeschöpft sein, so dass der Vorteil der Matching-Aktien nicht unter den Steuerfreibetrag fällt.